Primaire et secondaire
Professionnel et post-bac
| nom | statut | élèves |
|---|---|---|
| École élémentaire publique Boichard Jean | public | 194 |
| École élémentaire publique Condorcet | public | 103 |
| École élémentaire publique Montboucons | public | 63 |
| École élémentaire publique Sapins | public | 123 |
| École élémentaire publique Zay Jean | public | 177 |
| École maternelle d'application Helvétie | public | 123 |
| École maternelle publique Artois | public | 67 |
| École maternelle publique Bernard Tristan | public | 81 |
| École maternelle publique Bersot | public | 45 |
| École maternelle publique Bert Paul | public | 117 |
| École maternelle publique Boulloche André | public | 118 |
| École maternelle publique Bourgogne | public | 125 |
| École maternelle publique Bruyères | public | 45 |
| École maternelle publique Butte | public | 132 |
| École maternelle publique Camus Albert | public | 98 |
| nom | statut | reconnu par l'État |
|---|---|---|
| Conservatoire à rayonnement régional | public | oui |
| Ecole de sages-femmes | public | oui |
| Institut de management européen des affaires | consulaire | oui |
| Institut des techniques d'ingénieur de l'industrie de Franche-Comté | privé | oui |
| Institut régional de formation sanitaire et sociale de la Croix-Rouge française | privé | oui |
| Institut régional du travail social | public | oui |
| ISBA Besançon Franche-Comté (Institut Supérieur des Beaux-arts de Besançon-Franche Comté) | public | oui |
| Lycée agrotechnologique privé François-Xavier | privé | oui |
| Lycée Claude Nicolas Ledoux | public | oui |
| Lycée Jules Haag | public | oui |
| Lycée Louis Pergaud | public | oui |
| Lycée Pasteur | public | oui |
| Lycée privé Saint-Jean | privé | oui |
| Lycée privé Saint-Paul | privé | oui |
| Lycée professionnel Pierre-Adrien Pâris | public | oui |